Podatnicy zwolnieni z VAT a Krajowy System e-Faktur

Od 1 lutego część podatników jest zobowiązania do wystawiania faktur ustrukturyzowanych przy użyciu Krajowego Systemu e-Faktur. Kolejny etap wdrożenia systemu ruszy już niebawem, bo 1 kwietnia – wówczas pozostali podatnicy zostaną objęci tym obowiązkiem. Wątpliwości mogą pojawiać się u przedsiębiorców, którzy korzystają ze zwolnienia z podatku od towarów i usług – czy to ze względu na nieprzekroczenie limitu sprzedaży, czy z uwagi na świadczone usługi. Czy oni również powinni wystawiać faktury przy użyciu systemu?

Podmioty wyłączone z KSeF

Ustawa o VAT wskazuje wprost, w jakich sytuacjach nie powstaje obowiązek wystawiania faktur w KSeF – obowiązek ten nie dotyczy wystawiania faktur: 

1. przez podatnika nieposiadającego siedziby działalności gospodarczej ani stałego miejsca prowadzenia działalności gospodarczej na terytorium kraju;
2. przez podatnika nieposiadającego siedziby działalności gospodarczej na terytorium kraju, który ma stałe miejsce prowadzenia działalności gospodarczej na terytorium kraju, przy czym to stałe miejsce prowadzenia działalności nie uczestniczy w dostawie towarów lub świadczeniu usług, dla których wystawiono fakturę;
3. przez podatnika korzystającego z procedur szczególnych (np. VAT IOSS);
4. na rzecz nabywcy towarów lub usług będącego osobą fizyczną nieprowadzącą działalności gospodarczej;
5. w przypadku odpowiednio udokumentowanych dostaw towarów lub świadczenia usług, określonych w przepisach, np. usługi przejazdu autostradami płatnymi czy też usługi przewozu osób dokumentowane fakturami w postaci biletów jednorazowych;
6. przez podatnika korzystającego ze zwolnienia, o którym mowa w art. 113a ust. 1 (zwolnienie dla podatników posiadających siedzibę poza terytorium kraju, u których wartość sprzedaży na terytorium UE nie przekroczyła określonych limitów).

W powyższych przypadkach, z uwagi na brak obowiązku wystawiania faktur w KSeF, podatnicy wystawiają faktury elektroniczne lub papierowe i przekazują je na dotychczasowych zasadach kontrahentom.

Należy zwrócić uwagę, że powyższy katalog nie obejmuje podatników zwolnionych z VAT. Oznacza to, że nie zostali oni wyłączeni z obowiązku wystawiania faktur w KSeF.

Limit 10 000 zł dla wystawiania faktur – wyjaśnienie MF

Najmniejsi przedsiębiorcy, których sprzedaż miesięczna nie przekracza 10 000 zł, będą mieli obowiązek e-fakturowania od 1 stycznia 2027 r.

W związku z powyższym dziennikarze zwrócili się do Ministerstwa Finansów z pytaniem o problematyczny limit. Wskazali, że w odpowiedzi z 27 października 2025 r. Ministerstwo wyjaśniło, że przy ustalaniu limitu 10 000 zł podatnik zwolniony z VAT (czy to podmiotowo, czy przedmiotowo) nie uwzględnia m.in. faktur wystawionych na żądanie nabywcy. Czy to oznacza, że podatnik zwolniony z VAT nie będzie musiał wystawiać faktur w KSeF w 2026 r.?

W odpowiedzi z 25 lutego 2026 r. Ministerstwo Finansów wskazało, że obliczając wartość sprzedaży dokumentowanej fakturami w danym miesiącu (dla progu 10 000 zł) należy zsumować wszystkie kwoty brutto (tj. wraz z należnym VAT) z faktur, które podatnik byłby zobowiązany do wystawienia w KSeF.

Do limitu 10 000 zł nie są zatem wliczane wartości sprzedaży z faktur:

• wystawionych na rzecz osób fizycznych nieprowadzących działalności gospodarczej (art. 106b ust. 3 ustawy o VAT),
• wystawionych przy zastosowaniu kasy rejestrującej, gdzie wartość sprzedaży i kwota podatku należnego zostały zarejestrowane w raporcie fiskalnym dobowym kasy,
• uznanych za uproszczone, tj. paragony fiskalne z NIP nabywcy do wartości 450 zł brutto (100 euro),
• których wystawianie z KSeF zostało wyłączone na podstawie przepisów wykonawczych wydanych na podstawie art. 106s ustawy o VAT.

Podsumowując powyższe, Ministerstwo podkreśliło, że faktury wystawiane przez podatników zwolnionych z VAT lub wykonujących czynności wyłącznie zwolnione z VAT na rzecz innych podatników, jeśli wobec tych faktur nie istnieją żadne wyłączenia lub przepisy epizodyczne pozwalające na ich wystawienie poza KSeF, należy wystawić przy użyciu systemu.

Z powyższego wynika, że również podatnicy zwolnieni z VAT (czy to przedmiotowo, czy podmiotowo) od 1 kwietnia 2026 r. będą mieli co do zasady obowiązek wystawiania faktur na kontrahentów niebędących osobami fizycznymi w Krajowym Systemie e-Faktur – jeśli miesięczna wartość sprzedaży przekroczy 10 000 zł.

informacja MF z 25 lutego 2026 r. przekazywana do mediów na zapytania dziennikarzy, ID 680791

Podstawa prawna:

• art. 106ga ustawy z 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (tekst jedn. Dz. U. z 2025 r., poz. 775)